La chiesa è stata costruita sul finire dell’XI secolo da monaci appartenenti all’Ordine Benedettino Riformato di Cluny.

Tuttavia, ciò che noi attualmente vediamo copre altre due chiese che sono state costruite in tempi precedenti.

Qui c’era infatti una piccola cappella detta cella memoriae che ricordava il luogo della morte o forse la tomba di un martire: è stata scoperta nel corso degli scavi effettuati dal 1994 al 1996, e a giudizio degli studiosi risalirebbe al IV secolo. È stata inoltre ritrovata una piccola chiesa che era orientata a ovest, e non a est, come tutte le chiese a partire dal VI secolo, e come era già in uso nella Chiesa d’Oriente.

Nel corso dell’XI secolo, sulla precedente cella memoriae è stata costruita un’altra piccola chiesa con l’abside a est, dedicata a Santa Maria. Questa chiesa apparteneva, con i territori circostanti, ad alcuni vassalli dell’Arcivescovo di Milano, ed è stato ritrovato il documento che attesta la donazione della Chiesa di Santa Maria all’Abbazia di Cluny.

Al loro arrivo qui, i monaci di Cluny decisero costruire una chiesa per la loro comunità. Questi monaci consacravano la loro vita unicamente alla preghiera; non lavoravano, perché le donazioni permettevano loro di far lavorare dei servi. Avevano dunque bisogno di una chiesa degna del culto lungo tutta la giornata.

Cominciarono dall’abside e continuarono con le navate, fino a coprire completamente la Chiesa di  di Santa Maria che, a sua volta, aveva già coperto la cella memoriae.

La nuova chiesa cluniacense fu edificata in stile romanico, con tre navate e una serie di pilastri alternati, forti e deboli.
Due le principali caratteristiche di questa chiesa: le pietre utilizzate nella costruzione erano in mattoni ed erano di “reimpiego”, secondo una sorta di riciclaggio dei tempi antichi; l’opus spicatum, cioè la disposizione dei mattoni era “a spina pesce”. Quest’ultima tecnica serviva non solo a decorare, ma anche a riutilizzare differenti tipi di mattoni, provenienti da costruzioni precedenti o da crolli.